Conan dan kawan-kawan terlibat kasus ancaman bom yang ditujukan ke pusat perbelanjaan Beika.

Di sana ia melihat sosok Shuichi Akai, Subaru Okiya dan Gin, salah satu anggota organisasi Jubah Hitam.

Walau dalam situasi yang gawat ia berhasil memecahkan kasus tersebut, tapi Conan masih belum dapat mengungkap siapa Subaru Okiya atau ke mana Shuichi Akai menghilang.

Di saat itu, Bu Kobayashi, guru wali kelas mereka terlibat dalam sebuah kasus pembunuhan.