San Francisco:

Josh dan Sophie Newman akhirnya kembali ke kotanya, setelah petualangan tanpa henti di Ojai, Paris, hingga London. Pengalaman dan ilmu yang mereka peroleh dalam seminggu terakhir, malah membuat mereka bingung akan masa depan mereka. Keduanya belum menguasai seluruh sihir yang diperlukan untuk menghadapi para Tetua Gelap, sementara Dr. John Dee masih terus mengejar mereka tanpa lelah. Namun yang paling mengganggu pikiran mereka adalah, dapatkah mereka memercayai Nicholas Flamel? Siapa yang sebenarnya bisa mereka percaya?

Alcatraz:

Setelah berhasil mempedaya Machiavelli dan Billy the Kid hingga berhasil lolos dari Alcatraz, Perenelle Flamel bergabung kembali dengan Nicholas Flamel. Kini keduanya harus berjuang lagi untuk menghadapi Machiavelli yang akan melepas monster-monster buas yang terkumpul di Alcatraz ke San Francisco. Perenelle didukung oleh Nicholas memang cukup tangguh, namun mereka terus menua setiap hari, pertarungan itu bisa membunuh keduanya.

London:

Dee yang untuk kesekian kalinya gagal melaksanakan tugas dari majikan Tetuanya, kini dinyatakan sebagai buronan dan berbalik dikejar oleh sekian banyak makhluk buas. Namun Dee memiliki rencananya sendiri. Dengan Codex dan monster-monster di Alcatraz, dia dapat mengambil alih dunia. Dee memerlukan seseorang untuk dilatih menjadi Necromancer, untuk membangkitkan Induk dari Segala Dewa. Dan si Kembar adalah murid yang sempurna untuk itu.